El Colegio de San Luis Gonzaga fue fundado en 1842. El decreto de su creación dice así:

Decreto XCVIII: La Asamblea Constituyente del Estado de Costa Rica, considerando:

1. Que la base primordial de la felicidad y prosperidad de los pueblos es la civilización y las luces.

2. Que el aumento y propagación de estas solo puede lograrse dando impulso a la educación de la juventud y que el promoverla por cuantos medios estén al alcance es uno de los más sagrados deberes del Cuerpo Legislativo.

3. Que aunque el Tesoro Público no se halla en capacidad de subvenir a los gastos que demanda la erección de un colegio general tanto por la deuda enorme que hace gravita sobre él, cuanto por las erogaciones que hace al presente para proveer a la seguridad y defensa del Estado, pueden conciliarse inconvenientes eligiéndose una casa de la enseñanza en la ciudad de Cartago, cuyos fondos propios facilitan los recursos necesarios.

4. Que para el caso es indispensablea autorizar al Poder Ejecutivo para el arreglo de los fondos para planear el establecimiento sosteniéndose bajo pie regular y permanente; y para que acuerde el reglamento y estatutos que deban regir en él.

Decreta:

Art.1: Se erige una Casa de Enseñanza Pública en la ciudad de Cartago y patrón será San Luis Gonzaga. Aunque el colegio fue creado en 1842, no empezó a laborar formalmente hasta 1869. En este año llegaron al país los hermanos Fernández Ferraz, quienes se hicieron cargo de la institución.
El 31 de agosto se publicó un anuncio dirigido a los padres de familia, en el cual se comunidaban las fechas, horas y materias para los exámenes de admisión y una instancia para que matricularan a sus hijos.

El colegio se fundó como Escuela Unica en la cual se refundías tres sistemaa de enseñanza: Enseñanza Secundaria General, Enseñanza Secundaria Preparatoria y Enseñanza Especial.
La primera trataba de fomentar en el hombre la cultura y prepararlo para el ejercicio de la ciudadanía. La segunda se encaminaba al aprendizaje de una profesión y la tercera, a aspectos de orden práctivo para las necesidades del momento.

San Luis Gonzaga, Patrón del Colegio

San Luis Gonzaga es el patrón de la juventud y bajo su tutela fue puesta la institución. En 1884, don Mauro Fernández dispuso llamarlo Instituto de Cartago; sin embargo la ciudadanía continuó llamándolo por su nombre original. En 1892 cuando Manuel Vicente Jiménez ocupó la Cartera de Instrucción Pública, el nombre San Luis Gonzaga volvió oficialmente a la Institución.

San Luis Gonzga fue un modelo de inocencia, piedad y penitencia. Murió el 21 de junio de 1591, víctima de una enfermedad epidémica que devastó la ciudad, en la cual socorría a las víctimas. En su recuerdo el 21 de junio, se consagró en su honor, por lo tanto los jóvenes se congregan en el recinto que alberga a esta institución Benemérica de la Cultura, para recordar su legado.

El edificio que ocupó el Colegio durante el periodo de 1869 a 1910, fue diseñado por el arquitecto Jesús Kutze con la ayuda del maestro Bejarano y del albañil especializado Jesús Solano. Este edificio se ubicó en los terrenos de lo que hoy se denomina El Mercadito, un complejo de negocios, que en la actualidad pertenece al Colegio, situado al costado sur del Mercado Central. Según se afirma, la construcción de esta sede del Colegio duró doce años y su costo se fijó en 120.000 pesos.

El 4 de mayo de 1910 este edificio se derrumbó, matando a tres estudiantes en el terremoto de Santa Mónica, catástrofe en la que perdieron la vida miles de cartagineses. Una vez recuperados de las pérdidas los vecinos de Cartago se abocaron a la tarea de dotar al Colegio de un nuevo edificio. Se decide entonces, ubicarlo en los terrenos que ocupó la Corte de Justicia Centroamericana cuyo edificio, también fue destruido por el terremoto. La Corte fue trasladada a San José a la Casa Amarilla, sede actual del Miniserio de Relaciones Exteriores.

La excelente ubicación y construcción del nuevo edificio, hizo que se convirtiera en un símbolo del espacio arquitectónico de Cartago, así como en la sede hasta el día de hoy, de la Benemérita Institución de la cultura costarricense.

La Junta Administrativa, encargada del proyecto, estuvo compuesta por el Dr. Luis Guier como presidente, Ing. Santos León Herrera, Jorge Oríz Escalante, Julio Peña y Salvador Oreamuno. La construcción de este nuevo edificio duró seis años y su costo se fijó en 600.000 colones. En su diseño prevaleció el estilo Neoclásico. Fue inaugurado en 1929, por decreto #18973C publicado en la Gaceta #93 del 16 de mayo de 1989, se declaró este inmueble de interés histórico-arquitectónico.

Ubicación: Avenida 5, calle 3